Математики из Массачусетского технологического института предложили новый способ хранения и обработки данных о последовательностях ДНК. Он должен помочь справиться с наплывом данных от все большего числа прочитанных геномов. Работа с описанием нового алгоритма опубликована в журнале Nature Biotechnology, а ее краткое содержание можно прочитать на сайте института.
Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют различия. Поэтому, по словам авторов, хранить и обрабатывать следует не сами последовательности, а их отличия друг от друга.
Если, например, поиск определенной последовательности в геноме некоторого организма уже проводился, то поиск той же последовательности в новом геноме следует проводить не по всей последовательности, а только в тех местах, где новый геном отличается от старого. Это позволяет существенно снизить время поиска последовательностей и нагрузку на вычислительные центры. Разница в длительности вычислений между старым и новым алгоритмом зависит от количества уже прочитанных геномов - чем их больше, чем труднее искать по-старому и тем очевиднее преимущества нового алгоритма.
Упор на поиск различий в близких геномах соответствует современному развитию биологии. С одной стороны, в последнее десятилетие резко уменьшается стоимость секвенирования. Из-за этого скорость роста данных о последовательностях ДНК уже превышает экспоненциальную. С другой стороны, по мере увеличения количества прочитанных геномов доля совершенно уникальных последовательностей уменьшается. Прочитанные геномы все больше походят друг на друга. Например, в ближайшее время биоинформатики ожидают массового наплыва данных от проектов по секвенированию ДНК тысяч отдельно взятых людей, позвоночных, насекомых.
По материалам lenta.ru
Другие новости по теме
Microsoft предложила пользователям фехтовать на смартфонах
Экологический сертификат поссорил Apple и Сан-Франциско
Facebook излечит компьютеры пользователей от вирусов
Создатели смартфонов BlackBerry сэкономят на корпоративных самолетах
Microsoft купит разработчика гигантских сенсорных экранов
Австрийцы заменили городскую библиотеку штрихкодами
Конкурс Imagine Cup выиграли украинские создатели перчатки-переводчика
Google обнародовал исходный код Android 4.1
Microsoft назвала сроки выхода Windows 8
Apple наказала торговцев бета-версиями iOS 6
Экс-сотрудники Nokia возродят MeeGo
СМИ раскрыли характеристики планшета Kindle Fire 2
Mozilla приостановит разработку почтовика Thunderbird
Смартфон Galaxy Nexus вернулся в продажу в США
|